Według organizacji pozarządowej Transport & Environment (T&E) główni przewoźnicy żeglugowi „czerpią korzyści z unijnych opłat za emisję CO2” wprowadzonych w ramach ETS na początku 2024 r. Zdaniem T&E dodatkowe opłaty narzucone przez armatorów są wyższe niż rzeczywiste koszty. Według przewoźników w badaniu grupy wykorzystano niedokładne i niekompletne dane.
UE stała się pierwszym obszarem, który nałożył opłaty na armatorów za emisję CO2. Początkowo opłata pobierana jest za 40% emisji, w 2026 r. wzrośnie do 70%, a następnie do 100%. W odpowiedzi główni przewoźnicy wprowadzili dodatkową opłatę za wszystkie przesyłki kierowane na teren UE. Stwierdzili, że będą aktualizować opłaty co kwartał, aby odzwierciedlały rzeczywiste koszty, które ponoszą z tytułu ETS.
T&E przeanalizowało 565 rejsów 20 różnymi statkami czterech największych europejskich armatorów: Mærska, MSC, CMA CMG i Hapag-Lloyda. Choć w raporcie wskazano, że koszty każdego rejsu się zmieniają, to stwierdzono, że w przypadku 90% przeanalizowanych serwisów pobierano od klientów opłaty wyższe niż rzeczywisty koszt EU ETS. Zwrócono uwagę, że Mærsk zarabia średno na jednym rejsie aż 60 tys. euro, podczas gdy MSC 25 tys. euro, Hapag-Lloyd 23 tys. euro, a CMA CGM 14 tys. euro.
Mærsk odpowiedział, że raport jest wadliwy oraz wykorzystuje niedokładne i selektywne dane. Uznano, że zastosowano w nim nieaktualne szacunki dotyczące dopłat. T&E stwierdziła jednak, że zastosowała „ostrożne szacunki” oparte na oficjalnej cenie emisji wynoszącej 90 euro, czyli wyższej niż obecna cena w ramach ETS wynosząca 64,95 euro.